一
多年来多种版本的教学参考书和教师用书都认为，藤野先生的品质是工作认真负责、对学生严格要求、热情诚恳、有求实精神、严谨治学、不怀民族偏见等，《藤野先生》的主题，也就是赞扬他这些精神，同时抒发作者强烈的爱国主义感情。抒发爱国主义感情当然是正确的，但以上对藤野先生的品质的概括，我认为不准确，把主题定为赞扬藤野先生这些精神，当然也就不准确了。
藤野先生是鲁迅终生感激和怀念的老师。他不但写了这篇回忆性散文表示怀念，还一直在家里挂着他的照片。1934年，日本岩波文库要出版《鲁迅选集》，译者增田涉到上海征求鲁迅意见，问选哪些篇目，鲁迅表示：一切随意，但希望能把《藤野先生》选录进去。他还委托增田涉先生代为寻找藤野先生。第二年，《鲁迅选集》出版，增田涉又到上海送样书，鲁迅再次问起藤野先生的下落，得知没有打听到，于是叹息：藤野先生大概不在人世了吧！可见对藤野先生感情之深。他说：在我所认为我师的之中，他是最使我感激，给我鼓励的一个他的性格，在我的眼里和心里是伟大的。
是什么原因使鲁迅如此感激，如此高度评价藤野先生呢？我想，仅仅是认真负责之类，似乎在鲁迅眼里不能称为伟大，也不会令他 终生怀念和感激。那么，藤野先生 伟大的品质究竟是什么，进而《藤野先生》的主题究竟是什么呢？弄清这个问题，还需要了解鲁迅留日的背景和他当时的心理。
二
本来，鲁迅有一个非常优越的家庭环境。他的祖父周福清出身翰林，在北京担任过内阁中书。但是，从鲁迅13那年开始，他的家庭遭受了两次重大打击。先是祖父因科考舞弊案入狱，从此，家境急剧衰败。第二年，父亲周伯宜突然吐血，重病不起。鲁迅是长子、长孙，从此，他过早地挑起了一部分家庭重担，频繁地出入于当铺和药铺之间。不久，父亲病逝，留下寡妻和他们兄妹4人。那一年，他15岁。
因此，他感受到人世间的种种歧视和冷遇。一是当铺、药铺的冷眼和轻蔑；二是路旁闲人的指点和讥笑；三是几个名医，其实是庸医医术上的糊弄、药引上的刁难和费用上的狮口大开。更让人生气的是本家亲戚的变脸以至欺侮。他和弟弟们到外婆家避难，大舅父家的人竟称 他们是乞食者。本家各房聚议分家时，竟公然欺负，要将坏房子分给他们。从《琐记》（见《朝花夕拾》）可知，衍太太之流对小鲁迅不无恶意的流言，也在院中传播开来。这些，本也是惯常现象，中国向来不乏势利小人，只是少年鲁迅比一般孩子过早地感受了这一点，在他幼小而敏感的心灵上打下了过深的烙印。这使他后来的作品中也多反映对社会阴暗的感受。
由于在家乡感受到的是轻蔑、是势利、是冷酷、是欺侮，由于家乡让他憎恶和痛恨，那么，走罢！S城人的脸早经看熟，如此而已，连心肝也似乎有些了然。总得寻别一类人们去。（《琐记》）于是，鲁迅进了南京的江南水师学堂，半年后又到南京矿路学堂。
在南京，他读梁启超主笔的《时务报》，读严复的《天演论》，了解中国，了解世界，了解满清政府的落后与腐朽，眼界大开，心情也好一点。但这时他又感受到另一种歧视──他爱于课余时间骑马游玩，有一次经过学校附近满族人聚居的旗营，旗营中的满族少年见他一个汉人竟敢高高地骑马经过营门，便投来石块并辱骂他。他大怒，扬鞭追赶那些掷石者，结果摔下马来，跌得头破血流。这种歧视已不同于以前，以前的歧视只是针对他的家庭和个人，现在的歧视则是针对他和他的被统治的民族，这使他意识到自己还是满清的奴隶。这件事也给他很大的刺激，二十多年后写《杂忆》（见《坟》），在谈复仇问题时还提到过。矿路学堂毕业后，既然在国内感觉很气闷，鲁迅便选择了国外留学，于1902年3月东渡日本。在日本，他又继续受到比以前更严重的歧视。对此，华东师范大学王晓明先生在他《无法直面的人生──鲁迅传》第三章离乡者的悲哀中这样说：鲁迅到日本去的时候，日本的国力逐渐强盛，独霸东亚的野心也日渐膨胀，又刚刚在甲午海战中歼灭了中国的北洋水师，举国上下都弥漫着一股鄙视中国人的风气，有的日本报纸就公然宣称：西洋人视中国人为动物，实际确乎不得不产生动物、下等动物的感觉，因此，他们（指中国人）在生理上已失去人类的资格。许多留学生，偏偏又那样不争气，非但不从日本人的轻蔑中汲取自我警策的动力，反而以自己的种种乖行，不断地证明那轻蔑的正当。就以与鲁迅同住的留学生来说吧，有整天把地板踏得咚咚作响，尘土飞扬地学跳舞的，也有不遵守客店里新老客户循序洗澡的惯例，抢先钻进洗澡间，把水泼得四溅的，在这样的日常小事上都如此令人讨厌，其他的方面就更可想而知。一面是日本人的轻蔑的眼光，一面是这些同胞的不成器的丑态，难怪鲁迅一拿到修习日语的毕业证书，便立刻跑到偏僻的仙台去
仙台又怎样呢，在仙台医学专科学校里，只有鲁迅一个中国人，那些讨厌的同胞的嘴脸，自然是可以免见了，但是，日本人那股蔑视中国人的风气，在仙台同样很盛。仙台报纸上的辱骂中国人的言论，一点都不比其他地方温和，鲁迅所在的那个班的学生中，也同样有对他白眼相加、毫不掩饰的人。他考试成绩中等，便有同学以为是得了老师的暗中帮助，于是托辞去检查他的笔记，甚至写信向他发出威胁。课间放电影，映到日本军人挥刀砍杀中国人，而围观的其他中国人一脸麻木的时候，也有同学大声地议论：只要看中国人的样子，就可以断定中国是必然灭亡
比之家乡和南京，这种歧视更让鲁迅无法忍受，因为它针对的不仅是一个人，也不仅是中国的汉族，而是整个的中华民族！这不仅伤害他的自尊，还伤害了他对自己贫弱祖国的感情──当时的他虽然对祖国的风雨如磐 并不满意，尤其痛恨腐败无能的满清政府，但对祖国，他还是要我以我血荐轩辕。
三
患难见真情，患难中也格外珍视真情，一个长期饱受歧视与冷遇的人，如果谁曾经对他提供过帮助，付出过热情与尊重，他一定会倍觉感动，倍加感激，甚至终生不会忘记。感情分外丰富和敏感的鲁迅当然也是这样。
在日本举国上下都弥漫着鄙视中国人的风气，藤野先生不但不歧视他，反而对他这个中国学生特别热情、友好与尊重，这当然会令饱受歧视的鲁迅终生怀念与感激。单说藤野先生给他改讲义，竟让鲁迅很吃了一惊，同时也感到一种不安和感激。今天我们读《藤野先生》 中的这段时，还应注意以下几点：（1）鲁迅所说的讲义，实际上是课堂笔记而不是作业。──别说是高等院校，即使是中小学，教师也没有给学生 添改课堂笔记的义务。（2）不是批改，不是修改，而是添改，这需要更多的时间和精力的付出。（3）改得十分认真，不是只改一处或几处，而是从头到末；不但增加了许多脱漏的地方，连文法的错误，也都一一订正。（4）绝不是偶一为之，而是每一星期一次，一直继续到教完了他所担任的功课：骨学，血管学，神经学。（5）藤野先生这样做，可没有任何经济利益、政治利益或其他利益，相反，还招来了爱国青年的不满和怀疑。
藤野先生还特别理解和尊重鲁迅。解剖实习时，他听说中国人敬重鬼神，怕鲁迅不肯解剖尸体，还特别加以关照。得知鲁迅弃医从文时，藤野先生脸色仿佛有些悲哀，似乎想说话，但竟没有说。为什么竟没有说？答案只有一个：他尊重鲁迅的人生选择。后来他把鲁迅请到自己家里，拿出一张照片作为留念，背面写着惜别二字（实际是惜别藤野 谨呈周君8个字）。
纵观鲁迅一生，可以这样说，从1893年祖父因科场舞弊案被捕入狱，到1926年写《藤野先生》，除了初到教育部当佥事那几年，鲁迅实际上一直都并不得意，一直都生活在轻蔑、歧视、势利、冷酷甚至是诬陷和迫害之中（虽然其中也有性格的因素）。从《朝花夕拾》全书、从整部《鲁迅传》和其他资料来看，还不曾有谁像藤野先生这样在那么长的时间内给他以那么热情的关怀和帮助，特别是在他留学日本的时候。所以鲁迅说： 他是最使我感激，给我鼓励的一个他的性格，在我的眼里和心里是伟大的。
藤野先生在日本并非著名学者，其言其行也许并非楷模，但是，在对待鲁迅，其实也是对待中国人的态度上，确实难能可贵！须知，那是在中国在甲午海战惨败之时；是在日本独霸东亚的野心日渐膨胀，举国上下都弥漫着一股鄙视中国人的风气之时；是在日本人视中国人为猪头三、下等动物之时。
现在，我们可以归纳藤野先生的品质了，那是在日本举国上下鄙视中国人的风气时对中国人的特别热情友好与尊重。我们也可以概括《藤野先生》的主题了，那就是赞扬藤野先生在日本举国上下鄙视中国人的风气时对中国人的特别热情友好与尊重，同时也抒发自己强烈的爱国主义精神。